自動化儀表在環境監測與保護中雖然發揮著重要作用，但也存在一定的局限性：

　　一、儀器設備方面

　　成本高昂

　　高精度、多功能的自動化監測儀表往往價格昂貴。例如，一些能夠同時監測多種大氣污染物且具有高精度分析能力的儀器，設備采購成本可能高達數十萬元甚至上百萬元。這對于許多預算有限的地區或監測項目來說，難以大規模配備，限制了環境監測的全面性。

　　維護復雜

　　自動化儀表內部結構復雜，包含精密的傳感器、電子元件和復雜的機械部件等。需要專業的技術人員進行定期維護、校準和故障排除。例如，氣相色譜 - 質譜聯用儀（GC - MS）這種用于分析大氣或水中有害有機物的儀器，其維護不僅需要專業知識和技能，而且需要專門的設備和零部件，維護成本高且耗時。

　　易受干擾

　　自動化儀表在工作過程中容易受到外界環境的干擾。例如，電磁干擾可能影響電子傳感器的正常工作，導致測量數據不準確。在一些工業污染嚴重的地區，復雜的電磁環境可能使自動化儀表頻繁出現誤差，影響環境監測數據的可靠性。

　　二、監測能力方面

　　單一指標局限性

　　大多數自動化儀表主要針對特定的環境指標進行監測，難以全面反映復雜的環境狀況。例如，一個專門監測水體中化學需氧量（COD）的儀表，只能提供關于有機物污染程度的部分信息，對于水體中的其他污染物如微生物、重金屬的形態和生物毒性等無法直接監測，從而不能完整地評估水體的生態健康狀況。

　　時空分辨率有限

　　雖然自動化儀表能夠進行實時監測，但在空間和時間分辨率上仍存在一定的局限性。在空間上，一個監測站點的數據只能代表其周邊一定范圍內的環境狀況，對于大尺度、異質性較強的環境區域，難以準確反映局部環境變化。在時間上，盡管可以按一定的頻率進行監測，但對于一些突發的、瞬時的環境變化可能無法精確捕捉，例如短時間內的局部污染排放高峰。

　　三、數據處理與分析方面

　　數據質量問題

　　自動化儀表產生的大量數據可能存在質量問題，如數據缺失、異常值等。由于儀器故障、通訊中斷等原因，可能會導致部分數據缺失，而異常值可能是由于測量誤差或者突發的環境干擾造成的。這些低質量的數據如果不加以處理，會影響后續的環境分析和決策。

　　數據分析難度大

　　環境監測數據具有多源、海量、復雜的特點，自動化儀表產生的數據需要綜合分析才能得出有意義的環境狀況評估。然而，目前的數據分析方法在處理這些復雜數據時面臨挑戰，例如如何從眾多監測站點、多種污染物的數據中挖掘出深層次的環境變化規律和污染來源關系，現有的數據分析技術還需要進一步完善。

　　四、適用范圍方面

　　特殊環境適應性差

　　在一些極端環境下，自動化儀表的性能會受到嚴重影響。例如，在高海拔、極寒、極熱或者高濕度等特殊環境中，部分自動化儀表可能無法正常工作或者測量精度大幅下降。像在極地地區的環境監測中，一些普通的自動化儀表可能因為低溫導致電池性能下降、傳感器靈敏度降低等問題。

　　復雜生態系統適應性不足

　　對于復雜的生態系統，如濕地、森林等，自動化儀表難以全面反映生態系統的整體狀況。這些生態系統具有生物多樣性豐富、物質循環和能量流動復雜等特點，自動化儀表目前主要側重于對物理化學指標的監測，對于生態系統中的生物過程、生物間的相互關系等方面的監測能力有限。